Fra gammel tid havde søens folk søgt til Skt. Nikolaj Kirke. De søfarendes skytshelgen havde lagt navn til, og kirken var bygget tæt ved stranden, hvor fiskerne landede deres fangst, og skipperne havde deres boder. Syd for Nikolaj Kirke lod Christian d. 4. så i 1617 bygge nye skipperboder til boliger for sine søofficerer. Ønsket om en kirke for marinens folk meldte sig snart, og d. 5. september 1619 kunne biskop Hans Resen indvie Frederik d. 2’s ankersmedje på Bremerholm til orlogskirke. Orlogsværftets smedje fra 1563, bygget af Peter de Duncker, udgør grundstammen i Holmens kirke. Skippergang, korgang og kor, dvs. skib og kor, Holmens kirkes øst – vest akse, svarer til den gamle ankersmedje, og kvaderstenssoklen er den originale sokkel med tidernes omsætninger og reparationer. Mellem selve smedjen og kanalen lå en treetages tårnbygning kronet af en høj gavl i italiensk stil og med en lille tagrytter med spir, således at udsigten fra slottet ikke skulle skæmmes af smedeværkstedet med de mange rygende skorstene. Tårnet rummede en tid bl.a. Den Kgl. Mønt, smedemesterbolig, toldbod og navigations skole.